Le monastère du Christ Pantocrator a été fondé au 12e siècle par l'empereur Jean II Comnène et par son épouse, Irène de Hongrie.
Architecturalement, il en subsiste aujourd'hui un ensemble de trois églises parallèles, parfaitement accolées les unes avec les autres : l'église du Christ Pantocrator, située au sud, fut construite la première ; l'église de la Vierge Miséricordieuse fut édifiée ensuite, quelques mètres plus au nord ; enfin, l'église de Saint-Michel-Archange vint occuper la place laissée vacante entre les deux premières !
Ce « complexe » religieux fut ensuite complété par un long narthex couvrant la largeur des trois églises, puis postérieurement par un exonarthex couvrant seulement la moitié sud.
Ces trois églises furent réunifiées et reconverties en mosquée après la conquête ottomane. L'ensemble, qui a pris le nom de mosquée Zeyrek est, après Sainte-Sophie, le plus important bâtiment religieux datant d'avant la conquête ottomane de 1453.
L'église du Christ Pantocrator est la plus grande des trois, avec une coupole circulaire de sept mètres de diamètre posée sur quatre colonnes originellement en marbre rouge et remplacées (après un incendie en 1756 et un séisme en 1766) par des piliers d'influence baroque.
L'église de la Vierge Marie Miséricordieuse est analogue à la première, mais plus étroite, avec une abside moins profonde, et une coupole ovale ;
L’église de l'Archange Saint-Michel, qui fut également la chapelle sépulcrale de la dynastie Comnène, a deux coupoles ovales de dimensions et d'orientations différentes.
Le monastère, où évoluaient plusieurs dizaines de religieux, comprenait également à l’origine de nombreux autres bâtiments et dépendances dont un dispensaire, un hôpital, un hospice pour vieillards, une école pour les enfants des médecins et une léproserie. Les médecins, chirurgiens, pharmaciens et autres professeurs, étaient assistés dans leur tâches quotidiennes par une véritable petite armée de cuisiniers, boulangers, lingers, jardiniers, magasiniers, servantes, etc…Une petite ville dans la ville !
Au début des années 1400, le monastère était déjà, semble-t-il, tombé dans une profonde décrépitude ; les bâtiments étaient délabrés, et il ne restait plus que six moines.
Après la dissolution de ce qui restait du monastère après 1453, Zeyrek Mehmet Effendi (un lettré qui a laissé son nom à la mosquée), y aurait semble-t-il tenu un temps une médersa.
Fermé plusieurs années pour rénovation, le monastère/mosquée ré-ouvert ses portes depuis peu…